DOI を参考文献リストに載せたくない場合，bstファイルの以下の部分

FUNCTION {format.doi.url}
{ doi empty$
    { url empty$
     'skip$
     { format.online output.nonnull
       format.url
     }
     if$
    }
    { format.online output.nonnull
      "\doi{" doi "}" * *
    }
  if$
}

を

FUNCTION {format.doi.url}{}

としておけば良い．